Une fois le dossier de candidature déclaré recevable et éligible, s’en suit la phase d’audit réalisée par une équipe de trois  à quatre auditeurs (2 pairs et un binôme d'étudiants). Ce travail est réalisé conformément  aux critères d’audit et en cinq étapes :

• Etape 1 : L’audit sur documents,
• Etape 2 : L’entretien d'audit,
• Etape 3 : La rédaction du rapport d’audit initial,
• Etape 4 : La rédaction d’observations sur le rapport d’audit initial par l’établissement,
• Etape 5 : La formalisation du rapport d’audit final qui inclut une synthèse à destination du Comité de labellisation.