L’outil de diagnostic de recevabilité, d’éligibilité et d’audit ou « outil de diagnostic » est un document Excel « fil rouge » du dispositif. Il est à la fois un outil de simulation et d’élaboration d’un dossier de candidature pour les établissements, un outil de contrôle de la recevabilité et de l’éligibilité d’une candidature pour l’opérateur et un outil d’assistance à l’audit pour les auditeurs. Cet outil est cependant remplacé en grande partie par la plateforme PERSEES. L'auto-évaluation est complétée directement en ligne et les indicateurs, documents, objectifs et fiches actions sont également à télécharger sur la plateforme. L'outil permet de télécharger directement le dossier de candidature en fichier zippé pour le transférer à l'opérateur du Label. Le fichier "Rapport d'audit" généré automatiquement sert quant à lui de document de navigation dans l'arborescence documentaire. L'accès aux fonctionnalités liées à la labellisation sur PERSEES - dénommé "Mode Diagnostic" - nécessite une adhésion au CIRSES.