L’outil de diagnostic de recevabilité, d’éligibilité et d’audit ou « outil de diagnostic » était le document Excel « fil rouge » du dispositif. Cet outil est cependant remplacé en majorité par la plateforme PERSEES. L'auto-évaluation est complétée directement en ligne et les indicateurs, documents, objectifs et fiches actions sont également à télécharger sur la plateforme. L'outil de diagnostic doit cependant être ajouté au Dossier Administratif en complétant uniquement les notes de l'onglet "Eligibilité". Ce tableur reste effectivement utilisé par les auditeurs pour la réalisation du Rapport d'audit. L'accès aux fonctionnalités liées à la labellisation sur PERSEES - dénommé "Mode Diagnostic" - nécessite une adhésion au CIRSES.