Une fois le dossier de candidature déclaré recevable et éligible s’en suit la phase d’audit réalisée par une équipe de trois auditeurs (2 pairs et un étudiant). Ce travail est réalisé conformément  aux critères d’audit et en cinq étapes :

• Etape 1 : L’audit sur documents : étape préparatoire à l’entretien,
• Etape 2 : L’entretien,
• Etape 3 : La rédaction du rapport d’audit initial,
• Etape 4 : La rédaction d’observations sur le rapport d’audit initial par l’établissement,
• Etape 5 : La formalisation du rapport d’audit final qui inclut une synthèse à destination du Comité de labellisation.